La chiesa si trova a poca distanza dalla Via di Francesco, prima di raggiungere Trevi. In questo luogo avvenne la tentazione di San Francesco, una notte in cui si era fermato a pregare; qui Fra’ Pacifico ebbe la visione del trono vacante, perso da Lucifero e destinato a Francesco.
Il nome Bovara deriva dalla tradizione pagana legata alla purificazione dei buoi nelle acque del Clitunno, prima di sacrificarli alle divinità.
All’interno della chiesa è collocato un crocifisso ligneo davanti al quale, secondo la tradizione locale, avrebbe pregato San Francesco.